O trabalho do Centro de Pesquisa Clínica (CPEC) foi iniciado em 1998 com a missão de inserir a OSID entre as instituições de referência científica do País. Para definir as suas linhas de pesquisa, o critério adotado é o de privilegiar as patologias mais importantes para a população, aquelas que têm mais relevância em saúde pública e, principalmente, pesquisas que pudessem gerar soluções aplicáveis.
O CPEC mantém convênios e intercâmbios com diversas instituições. Um desses convênios permite a utilização dos laboratórios mais avançados de biologia molecular da Fundação Osvaldo Cruz (Fiocruz), além de participar de um programa que permite selecionar e treinar profissionais do núcleo no Brasil ou nos Estados Unidos. Desta forma, a instituição está buscando se tornar uma das referências no Brasil em pesquisas de endemias sociais, aquelas que se caracterizam por atingir principalmente a camada social mais desassistida.
A eficiência do trabalho pode ser medida pelos resultados. O alto nível técnico do núcleo fez com que fosse uma das unidades de excelência escolhidas pela Food and Drug Administration (FDA) em todo o mundo para desenvolver a pesquisa das vacinas contra o câncer do colo do útero (lançada em 2006) e de próstata. A excelência em pesquisa se reflete ainda nas parcerias como a da Fiocruz e Universidades americanas de Cornel e Berkeley e nas inúmeras publicações de artigos em revistas científicas brasileiras e internacionais.
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